非小细胞肺癌MET基因的改变形式及检测方法
编者按:MET基因异常是非小细胞肺癌(NSCLC)中非常重要的少见驱动基因形式,是当前肺癌靶向治疗关注的重点及热点。NSCLC中MET基因改变有哪些形式,以及这些MET基因改变应该如何检测获得临床关注。本文主要介绍了NSCLC中MET基因改变的主要形式以及所应采取的检测方法,同时对不同检测方法的缺点也进行了介绍。
  MET基因异常是非小细胞肺癌(NSCLC)中非常重要的少见驱动基因形式,是当前肺癌靶向治疗关注的重点及热点。目前针对NSCLC中MET 14跳突的抑制剂已经在中国正式获批;其次MET基因扩增是EGFR-TKI靶向治疗重要的耐药机制之一,MET基因扩增的晚期NSCLC患者可从MET抑制剂治疗中获益;另外关于MET蛋白过表达的多项临床试验也正在进行当中。近日《非小细胞肺癌MET临床检测中国专家共识》在中华病理学杂志正式发布,对MET基因异常的主要形式及其临床意义和检测方法等问题等进行了详尽阐述,并提出了相关建议和推荐方案,以期指导临床进行规范的MET检测,使相关患者最大化获益。
  NSCLC中MET基因改变的主要形式
  NSCLC中MET基因的异常主要包括MET第14号外显子跳读突变(MET 14跳突)、MET基因扩增、MET基因点突变、MET基因融合及MET蛋白过表达等,MET不同类型基因改变形式的发生率及其临床意义存在差异。
  MET 14跳突:MET 14跳突是指由于某些基因变异导致MET基因的第14号外显子出现缺失的情况。MET基因第14号外显子主要编码MET蛋白负向调控的重要区域,可以介导MET蛋白泛素化及自身降解,MET 14跳突会造成MET蛋白泛素化障碍、MET稳定性增加和降解减少,从而引起下游信号的持续激活。目前已报道的MET 14跳突主要发生区域包括单核苷酸区域、多嘧啶区域、剪接受体位点以及剪接供体位点等。当以上区域发生突变时,将导致MET第14号外显子区域丢失,13与15号外显子发生融合,从而导致MET基因持续激活。在NSCLC中MET 14跳突通常与高侵袭性和不良预后显著相关,同时MET抑制剂在MET 14跳突晚期NSCLC患者中显示了良好的抗肿瘤活性以及安全性,说明MET抑制剂对于MET 14跳突的晚期NSCLC患者具有非常好的效果。
  MET基因扩增:MET基因扩增是指MET基因拷贝数增加,包括局部扩增和多倍体2种形式。MET基因扩增可以导致MET mRNA水平上调,进一步增加MET蛋白表达,从而增加激活状态的MET通路信号。MET基因扩增可作为原发性肿瘤驱动基因变异之一,也可以继发于其他驱动基因阳性的NSCLC患者靶向治疗后。继发性MET基因扩增在EGFR信号通路被EGFR-TKI抑制时,作为旁路信号途径绕过EGFR激活下游通路导致耐药。研究表明,EGFR-TKI联合MET抑制剂可能是继发MET基因扩增导致的EGFR-TKI 耐药患者的潜在治疗策略。
  MET蛋白过表达:MET蛋白过表达是指在各种因素作用下导致MET蛋白的表达增多的情况。MET蛋白过表达可使细胞膜表面MET受体增加,也可导致MET通路的异常活化。研究显示MET抗体耦联药物在EGFR野生型、MET蛋白过表达的晚期NSCLC患者中展示出了有效的肿瘤应答,提示MET蛋白过表达可作为晚期NSCLC靶向治疗的生物标志物,但是其临床意义及治疗价值需要更进一步的研究和积累经验。
  除此之外,MET基因的改变形式还包括MET基因融合及MET基因点突变等,目前临床意义尚不明确,有待进一步研究。
  NSCLC中不同MET基因改变形式的检测方法
  MET基因异常的类型和方式较多,准确检测MET异常是使用MET抑制剂治疗的前提,不同的检测方法有各自的优缺点,临床检测中面临着较多的问题和挑战。
  1.MET 14跳突的检测方法主要包括Sanger测序、RT-qPCR、二代测序等,其中Sanger测序的检测通量和灵敏度较低,目前在临床中应用较少。RT-qPCR是在MET第13和第15号外显子区域设计引物,检测是否有特异性的扩增产物。该方法检测MET 14跳突准确率高,但对于一些与MET 14跳突功能相似的、特殊且罕见的MET变异形式(如Y1003位点氨基酸改变或缺失)会导致漏检。DNA二代测序目前主要基于扩增子法和杂交捕获法2种建库方法来富集并进行基因检测,考虑到MET 14跳突的变异位点和形式多样性,推荐建库的靶向序列至少应覆盖全部MET 13内含子、MET 14外显子以及MET 14外显子下游50 bp的范围(MET 14内含子内);同时二代测序生物信息分析的数据库应尽可能包含全面的MET 14跳突位点信息,并定期更新。RNA二代测序是在RNA水平上检测MET第13/15号外显子融合来判断是否发生MET 14跳突,该方法直接检测MET 14跳突,检测覆盖范围明确,生物信息分析简单,但对于一些罕见的MET变异形式可能会出现漏检。
  2.MET基因扩增的检测方法主要包括FISH、二代测序等,其中FISH目前是检测MET基因扩增的金标准。FISH通过荧光探针原位标记MET基因,可以结合形态直接观察肿瘤细胞中MET荧光信号的数量,来计算肿瘤细胞中MET基因拷贝数(GCN);或者通过标记MET基因和第7号染色体着丝粒(CEP7),计算肿瘤细胞中MET/CEP7比值。该方法通过计算MET GCN及MET/CEP7比值来判断扩增情况,并且可区分局部扩增和多倍体。DNA二代测序方法可以基于测序深度和特定位点变异频率等信息对检测MET基因拷贝数变异进行计算,但由于不同公司二代测序检测panel和生物信息分析策略的差异,检测结果的呈现形式也可能不同,因此二代测序检测MET基因扩增有待进一步优化和验证。另外,微滴式数字PCR在MET基因扩增检测尤其血液标本的检测领域已有相关探索,但该方法在临床应用前尚需进一步优化和验证。
  3.MET蛋白过表达的检测方法主要为免疫组织化学的方法,其利用抗原与抗体特异性结合的原理,对MET蛋白进行定位、定性及相对定量的检测。目前国内外检测MET的抗体涉及多个克隆号,不同抗体的染色性能存在差异,尚没有统一的判读标准。因此,进行不同抗体的一致性对比研究十分必要。
参考文献:
1.《非小细胞肺癌MET临床检测中国专家共识》.中华病理学杂志,2022,51(11):1094-1103.