肺癌NTRK基因融合检测的临床意义及检测方法
编者按  NTRK是属于神经营养因子受体酪氨酸激酶家族,针对NTRK基因融合的靶向药物在国内已获批上市,为NTRK融合的肺癌患者带来了新的靶向治疗方案。近日,《中国实体瘤NTRK融合基因临床诊疗专家共识》正式发布,我们对肺癌NTRK基因融合检测的临床意义及常见的检测方法进行一些解读介绍。
  NTRK是属于神经营养因子受体酪氨酸激酶家族,包括三种蛋白,分别由NTRK1、NTRK2、NTRK3基因编码,这些蛋白通常在神经组织中表达。NTRK基因的3’端包含了酪氨酸激酶结构域,当其与相关基因的5’端融合后,产生的融合蛋白酪氨酸激酶处于持续活化状态,可以驱动肿瘤的生长。NTRK在一些罕见病中呈高突变状态,如分泌性癌、婴幼儿纤维肉瘤、先天性中胚层肾瘤等,同时在常见癌种如肺癌、结直肠癌、黑色素瘤等也有少量突变率。肺癌中约有0.2%的病例存在 NTRK 融合,最近针对NTRK基因融合的靶向药物在国内获批上市,为这类肺癌患者带来了新的靶向治疗方案。近日,《中国实体瘤NTRK融合基因临床诊疗专家共识》正式发布,对NTRK检测的临床意义及常见的检测方法进行了详细的介绍并形成共识。共识指出对于所有转移性或局部晚期肺癌患者,或对于无常见驱动基因(如EGFR、ALK、ROS-1、BRAF,MET,Her-2等) 的患者应进行NTRK基因融合检测,其中NGS应作为NTRK基因融合检测的首要手段。
肺癌中NTRK基因融合检测的临床意义
  NTRK基因融合在肺癌中的发生率仅为0.2%左右,但在无常见的已知突变的患者中发生率可增至3%以上,全面及时的NTRK基因融合检测能够为患者带来更多治疗选择和生存机会。肺癌中常见NTRK融合方式是NTRK1-TPR基因融合,并且通常不与其它致癌驱动因子(如 EGFR、ALK或ROS1等)同时存在。不过在部分EGFR TKI耐药的患者,NTRK1基因融合可与EGFR突变共存,成为EGFR TKI耐药的机制之一。
  2022年ASCO上公布的最新临床试验数据显示,靶向NTRK抑制剂治疗NTRK基因融合阳性的肺癌患者的ORR高达83%,24个月的PFS率为67%,中位OS为40.7个月,效果显著;同时治疗相关不良事件主要为1-2级,具有良好的长期安全性。另外,该药在治疗基线伴有中枢神经系统转移的肺癌中ORR达80%,并且对颅内病灶的进展有明显控制。因此,各大指南均一致推荐其作为NTRK基因融合阳性NSCLC患者的一线治疗方案。
肺癌中NTRK基因融合的常见检测方法
  准确检测出NTRK融合是使用靶向药物治疗的前提,目前NTRK融合常见的分子病理检测方法主要包括二代测序(NGS)、FISH、RT-PCR和免疫组织化学等,不同的检测方法有各自特点,必要时需要相互补充及验证。
  NGS 用于检测 NTRK 基因融合可分为DNA二代测序和RNA二代测序两种方法,这两种方法均能准确检测出NTRK基因融合及其相关融合伴侣,并且能够同时检测多个靶向治疗的靶点。此外,NGS还能获取 NTRK 基因的其他突变信息,可能作为患者对TRK抑制剂耐药的提示。该方法的灵敏度和特异性高,主要缺点是检测周期较长,成本较高。共识强烈推荐使用覆盖NTRK基因内含子区域的NGS DNA panel或者全外显子组检测作为NTRK基因融合检测的首要手段,NGS RNA panel或者转录组作为NTRK基因融合检测的重要补充手段。NGS RNA panel比NGS DNA panel具有更高的灵敏性,尤其在IHC呈阳性,DNA NGS panel检测阴性的情况下建议RNA NGS panel确认。在条件允许的情况下推荐同时提取FFPE切片的DNA和RNA,以达到并行开展DNA和RNA 测序的目的。
  FISH 检测往往被认为是融合基因检测的金标准,灵敏度和特异度都很高。但由于NTRK基因融合涉及多个NTRK基因,并且存在各种复杂易位,FISH 检测的成本较高并且对阳性信号的判读具有较大挑战,存在假阴性和假阳性风险。共识推荐ETV6-NTRK3 FISH检测可以作为NTRK基因融合发生率高的肿瘤的确诊手段,但对肺癌中的NTRK融合则不建议使用FISH检测。
  RT-PCR检测NTRK融合的灵敏度和特异度较高,并且可测出在RNA水平上表达的基因融合,但是该方法仅能针对已知的基因融合,无法同时检测多种NTRK融合,也不能检测新的融合。因此RT-PCR检测可以作为NTRK基因融合发生率高的肿瘤和在已知伴侣基因的情况下的确诊手段(如ETV6-NTRK3的NTRK基因融合),而对于肺癌等其他类型实体瘤则不合适。
  免疫组织化学检测是一种争对TRK蛋白的简单且经济的检测方案,目前最常用的是抗 pan-TRK 抗体,可以一次性对3个 NTRK 基因的融合进行检测。该方法成本低,检测周期短,多数实验室均可采用,但该方法尚无明确的判读标准及临床实用意义。因此,pan-TRK IHC可以作为NTRK基因融合发生率较低、NTRK基因不表达且常规条件下不推荐NGS DNA panel方法的癌种初筛方法。也可以作为NGS检测手段的复核手段。
参考文献
1. Xu C, Si L, Wang W, et al. Expert consensus on the diagnosis and treatment of NTRK gene fusion solid tumors in China. Thorac Cancer, 2022;13(21):3084-3097.
2. Alexander E. Drilon, et al. Updated efficacy and safety of larotrectinib in patients with tropomyosin receptor kinase (TRK) fusion lung cancer. 2022 ASCO Abstract 9024.