MET基因检测的平台和方法
前言:MET基因异常是非小细胞肺癌中一种少见的驱动基因异常,但具有重要的临床治疗价值。非小细胞肺癌中MET基因异常主要有MET14跳突、MET基因扩增和MET蛋白过表达,需要采用不同的检测方法。本文重点介绍了非小细胞肺癌中MET基因异常的常见形式及其检测方法,并且对这些检测方法的优缺点也进行了相应的介绍。
MET基因检测的平台和方法
  MET基因异常是非小细胞肺癌(NSCLC)中非常重要的少见驱动基因形式,已经获得了极大的关注和研究。MET基因异常主要包括MET第14号外显子跳读突变(MET 14跳突)、MET基因扩增、MET基因点突变、MET基因融合及MET蛋白过表达等。其中针对携带MET 14跳突的局部晚期或转移性NSCLC的MET抑制剂具有较好疗效,已于2021年在国内获批上市;其次MET基因扩增是EGFR?TKI靶向治疗重要的耐药机制之一, MET基因扩增的晚期 NSCLC患者可从MET抑制剂治疗中获益;另外关于MET蛋白过表达的多项临床试验也正在进行当中。
  准确检测MET异常是使用MET抑制剂治疗的前提,在NSCLC中MET异常常见的分子病理检测方法主要包括免疫组织化学、FISH、RT?qPCR、Sanger测序、二代测序技术等。然而,由于MET基因的异常的类型和方式较多,不同的检测方法有各自的优缺点,临床检测中面临着较多的问题和挑战。近日,《非小细胞肺癌MET临床检测中国专家共识》对MET常见的基因改变及其检测方法进行了详细的梳理,并形成共识。
 
(一)MET 14跳突可使用RT-qPCR、DNA二代测序或RNA二代测序进行检测,不同检测方法各有其优缺点,必要时可相互验证或补充检测。MET 14跳突位点形式多样,临床检测和判读中需特别注意。
  MET 14跳突的检测方法主要包括Sanger测序、RT-qPCR、二代测序等,其中Sanger测序的检测通量和灵敏度较低,目前在临床中应用较少。
  RT-qPCR是在MET第13和第15号外显子区域设计引物,检测是否有特异性的扩增产物。该方法检测MET 14跳突准确率高,但对于一些与MET 14跳突功能相似的、特殊且罕见的MET变异形式(如Y1003位点氨基酸改变或缺失)会导致漏检。对于检测结果在阳性阈值附近的患者,其结果解释需谨慎,应结合样本质量、肿瘤细胞含量以及检测质控情况综合分析,必要时可使用其他平台进行复测。
  DNA二代测序优选肿瘤组织样本或细胞学样本进行检测,目前主要基于扩增子法和杂交捕获法2种建库方法来富集并进行基因检测。考虑到MET 14跳突的变异位点和形式多样性,不同建库方法的检测能力也有一定差别,推荐建库的靶向序列至少应覆盖全部MET 13内含子、MET 14外显子以及MET 14外显子下游50 bp的范围(MET 14内含子内)。二代测序生物信息分析的数据库应尽可能包含全面的MET 14跳突位点信息,并定期更新,对于检测到的疑似MET 14跳突,建议辅以RT-qPCR或RNA测序验证。
  RNA二代测序是在RNA水平上检测MET第13/15号外显子融合来判断是否发生MET 14跳突。该方法直接检测MET 14跳突,检测覆盖范围明确,生物信息分析简单。但与RT-qPCR一样,对于一些罕见的MET变异形式可能会出现漏检。RNA二代测序对样本质量要求高,检测全程需做好质控。
 
(二)MET基因扩增可采用FISH和二代测序进行检测,FISH是检测MET基因扩增的金标准,二代测序检测MET基因扩增尚需进一步优化和验证。
  MET基因扩增的检测方法主要包括FISH、二代测序等,其中FISH目前是检测MET基因扩增的金标准。FISH通过荧光探针原位标记MET基因,可以结合形态直接观察肿瘤细胞中MET荧光信号的数量,来计算肿瘤细胞中MET基因拷贝数(GCN);或者通过标记MET基因和第7号染色体着丝粒(CEP7),计算肿瘤细胞中MET/CEP7比值。该方法通过计算MET GCN及MET/CEP7比值来判断扩增情况,并且可区分局部扩增和多倍体。FISH检测MET基因扩增的判读尚无统一的标准,目前主要参考UCCC标准和Cappuzzo标准,推荐将MET GCN≥5或MET/CEP7≥2作为判读参考阈值。当MET/CEP7≥2时,判断为局部扩增;当MET GCN≥5且MET/CEP7<2时,判断为多体。
  DNA二代测序方法可以基于测序深度和特定位点变异频率等信息对检测MET基因拷贝数变异进行计算,首选肿瘤组织样本或细胞学样本。不同公司或实验室使用的二代测序检测panel和生物信息分析策略可能有所不同,检测结果的呈现形式也可能不同。有报道组织二代测序与FISH检测MET基因扩增的阳性一致性约为48%~62.5%,其中MET局部扩增阳性一致性为88%,而多倍体阳性的一致性仅为4%。因此,二代测序检测MET基因扩增有待进一步优化和验证,建议临床选用经NMPA批准或经充分验证的二代测序产品对MET基因扩增进行检测。
  另外,微滴式数字PCR在MET基因扩增检测尤其血液标本的检测领域已有相关探索,但该方法在临床应用前尚需进一步优化和验证。
 
(三)MET蛋白过表达的检测方法主要为免疫组织化学的方法。
  MET蛋白过表达的检测方法主要为免疫组织化学的方法,其利用抗原与抗体特异性结合的原理,对MET蛋白进行定位、定性及相对定量的检测。目前国内外检测MET的抗体涉及多个克隆号,不同抗体的染色性能存在差异,尚没有统一的判读标准。因此,进行不同抗体的一致性对比研究十分必要,并需要更多的临床研究来证实MET蛋白过表达的临床价值,进一步明确判读标准和获益阈值。在当前的临床研究中,建议免疫组织化学检测结果应至少包括所使用的抗体信息、肿瘤细胞中阳性百分比和染色强度。
  总之,非小细胞肺癌中MET基因改变的检测方法是根据MET基因发生的改变而需要采用不同的检测方法,而且对同样的MET基因改变采用的检测方法具有不同的敏感性,需要临床病理医生根据肿瘤细胞含量、临床需求选用合适的检测方法,以提高MET基因改变的检测敏感度和准确性。
 
参考文献
1.《非小细胞肺癌MET临床检测中国专家共识》.中华病理学杂志,2022,51(11):1094-1103.