准确检测才能准确用药——肺癌罕见突变基因从MET说起
编者按:肺癌是当今世界严重危害人类健康的恶性肿瘤,分子生物学进展大大改变了晚期NSCLC的治疗格局。肺癌的靶向治疗离不开肺癌的分子检测,分子检测涉及到各个方面,任何一个因素都可能影响分子检测结果准确性。为了规范肺癌的分子检测,AZ联合国内相关专家对肺癌分子检测的样本要求、检测平台、检测治疗与规范和检测观念进行全面阐述。本期91360智慧病理网邀请云南省肿瘤医院周永春教授以MET基因为例介绍非小细胞肺癌罕见基因突变、罕见基因突变的检测方法,以及非小细胞肺癌罕见基因突变的检测策略进行相关介绍。

 


 

周永春 教授

医学博士,主任医师,博士研究生导师

云南省癌症中心 办公室主任

云南省肿瘤医院 分子诊断中心 主任

云南省肿瘤分子基因中心 常务副主任

云南省中青年学术技术带头人,云南省卫生高层次人才学科带头人

云南省抗癌协会肿瘤精准治疗委员会 主任委员

云南省肺癌防治协会分子靶向诊疗专业委员会 主任委员

中国南方临床研究协会(GSWOG)肺癌专业委员会 常委

《中国高发肿瘤大数据计划》专家委员会委员  

中国抗癌协会肿瘤转移专业委员会青年委员

中国抗癌协会癌症筛查与早诊早治专业委员会 委员

国家自然科学基金委评审专家 教育部学位论文评审专家

 

准确检测才能准确用药

——肺癌罕见突变基因从MET说起

 

01、非小细胞肺癌罕见的基因突变概述

我国肺癌患者人数逐年增加,发病率和死亡率居所有恶性肿瘤之首,其中非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)占比约80%。但随着分子病理诊断技术及靶向药物研发不断进步,NSCLC靶向治疗也获得了长足进展,NSCLC患者术后靶向治疗的客观缓解率及无进展生存时间显著延长,生活质量也稳步提高。通过基因检测方法,诊断鉴别药物敏感突变,筛选适合靶向用药的患者对NSCLC临床诊疗具有积极意义。如表皮生长因子受体(EGFR)在NSCLC患者中突变率接近40%,其突变种类与预后、靶向治疗的关系已取得较好成果[1]。但随着分子病理诊断,包括二代测序(NGS)等技术推广应用,更多的NSCLC少见突变同样影响患者预后。包括ROS1(突变率2%-3%)、MET(2%-4%)、HER2(2%-4%)、BRAF(1%-2%)、RET(1%-4%),以及罕见变异基因NTRK(<1%)、NRG1/2(<1%)、FGFR2(<1%)等[1]。但上述基因变异在NSCLC中的意义仍有待进一步明确,其靶向治疗药物在国内上市较少,效果同样有待证实。尽管如此,基于我国NSCLC患者的庞大基数以及发病率逐年升高的流行病学现状,研究明确上述少见基因改变对NSCLC患者预后以及靶向治疗效果的意义对检出上述少见基因突变阳性的NSCLC患者仍然具有重要意义。

02、MET基因与非小细胞肺癌

间质上皮转化因子MET基因编码的蛋白c-Met作为肝细胞生长因子HGF的酪氨酸激酶受体,在多种肿瘤中异常激活,促进包括NSCLC在内的肿瘤细胞存活、增殖、侵袭。虽然相对EGFR等常见突变,MET突变在NSCLC中较为少见,如近年来研究证实,NSCLC 中,MET基因最常见的14号外显子跳跃突变发生率为1.7%- 4.3%[2-3]。但值得注意的是,MET基因异常是独立致癌的驱动基因,是预后不良的独立预测指标。此外,继发 MET 扩增是靶向EGFR的酪氨酸激酶抑制剂(TKI)耐药的主要机制之一,约占 EGFR-TKI 耐药机制的5%-20%。因此,MET基因异常,包括过表达、扩增、14号外显子跳跃突变,以及较为少见的MET重排,在NSCLC的发生发展及耐药、预后中均具有重要作用。目前,国内外已有MET抑制剂获批用于含MET14号外显子跳跃突变的NSCLC患者治疗。MET抑制剂联合EGFR-TKI等药物共同应用于NSCLC患者治疗的相关I期、II期临床研究也在进行中。因此,MET基因异常异常检测对NSCLC患者开展基于MET突变的靶向治疗具有重要意义。

03、MET基因检测存在的问题

由于MET基因异常相对少见,分子病理诊断经验不足,目前在临床中,上述MET基因异常检测仍然存在较多问题。如穿刺样本标本量较少,无法利用免疫组化(IHC)检测c-MET蛋白表达;原位杂交(FISH)技术检测MET扩增时阳性结果判读也存在争议;MET14号外显子跳跃突变具有不同长度的碱基对缺失、点突变和插入缺失突变等,对检测及后继生物信息学分析均提出了挑战。基于上述原因,国内对于 MET 通路异常的临床检测率较低,很多具有该通路异常,但没有其他常见药物敏感突变的的晚期NSCLC患者会被按照突变野生型进行常规放化疗,效果非常有限。随着MET靶向药物临床数据的不断公布,临床上急需精准、高效、便捷的MET基因检测方法[3]

04、MET基因在非小细胞肺癌的检测策略

1) MET 14跳读突变检测

目前国内外已获批多款针对MET 14号外显子跳跃突变的MET抑制剂,如赛沃替尼、卡马替尼等,因此其精准检测对靶向用药具有重要意义。MET 14外显子跳读突变的检测,目前以NGS和RT-PCR为主。对于NGS检测,为了防止漏检,NGS探针应尽量涵盖第14外显子外的如第13或14号内含子上可能发生剪切变异的区域。RNA-Base NGS方法在技术层面上优于DNA-Base方法,RT-PCR同样基于RNA水平的检测,具有快速敏感性高的特点。由于NGS可同时检测MET突变和融合等多种变异,且能实现多基因共检,在临床实践中应用更加广泛[1]。此外,当组织标本不可及时,血浆标本也可以考虑用于MET 第14 号外显子跳跃突变的检测,作为补充。

2)MET扩增检测

MET扩增的检测方法主要包括FISH、NGS和dPCR。FISH技术可用于组织检测基因扩增或重排,为目前MET扩增检测的金标准,能够区分定点扩增和多倍体。以FISH为参照,组织NGS检测定点扩增的敏感性可达88%,特异性可达98%[4],NGS检测阳性患者与FISH检测阳性患者在使用EGFR联合MET-TKI治疗后,均有临床获益的趋势[5],但多倍体扩增易被遗漏,未来应当进一步优化NGS检测技术,提高NGS对多倍体的检出率。dPCR具有高灵敏度、准确定量及操作简单等特点,可用于检测MET定点扩增和多倍体扩增。dPCR最大优势是能够更佳精准地检测定量,因而它可能成为另一有效的MET基因拷贝数的检测手段,无论是组织还是血液都能够很好地检测MET基因扩增。

IHC检测MET过表达阳性患者与FISH检测阳性患者在使用EGFR-TKI联合MET-TKI治疗后,均具有临床获益趋势[5],目前多项临床研究也表明,c-MET过表达患者对于MET抑制剂疗效反馈更佳,未来IHC在MET异常检测应用将更加广泛。

目前提示MET抑制剂临床获益的阈值在不同药物临床研究和不同检测方法中尚无定论,有待进一步明确。对于MET扩增的检测,尤其在EGFR TKI 耐药人群中,如有充足的肿瘤组织标本,可以考虑优先选择NGS。当NGS检测结果不能确定、有扩增信号但不典型或者位于临界值的患者,应建议使用FISH进行复测。对于特殊患者人群,如EGFR-TKI耐药后T790M及其他耐药机制阴性人群,或者组织标本肿瘤细胞含量较低时,考虑到NGS检测拷贝数变异可能存在的漏检风险,当NGS报告MET扩增阴性时,仍可考虑FISH复测。以组织为参照,血浆检测MET扩增现有数据表明其灵敏度低,在报告中应予以必要的说明,血浆检测仅供临床参考,检测阴性不能排除MET扩增。

05、临床实验室自建项目

临床实验室自建项目,英文缩写为LDT,是指有实验室内部研发、验证和使用,采用生物化学、细胞遗传学、分子生物学试验方法,以诊断为目的,分析DNA、RNA、线粒体、蛋白组和代谢组疾病等生物标志物的体外诊断项目;LDT仅能在研发的实验室使用;可使用购买或自制的试剂,但不能销售给其他实验室、医院或医生。根据《实验室自建分子诊断项目基本要求专家共识》[6],开展LDT不仅应达到一定的实验室资质及环境要求,人员也应符合监管要求。LDT的技术指标应应达到一定的准确性、精确性分析灵敏度和分析特异度等要求。而且LDT还应该得到临床验证。

LDT可以弥补IVDs检测项目少,不足以满足临床需求的缺点,同时也是合规开展的检测项目。目前院内开展的临床检验项目主要参考《医疗机构临床检验目录(2013年)》,所有检测试剂需采购获批的IVDs(体外诊断试剂)。但由于《目录》项目远不足以满足临床检测需求,尤其是肿瘤个体化诊疗检测需求,2016年3月3日,卫计委对于未列入《目录(2013年版)》,但临床意义明确、特异性和敏感性较好、价格效益合理的临床检验项目,应当及时论证,满足临床需求。国家药品监督管理局2020年9月2日公开表示,国内尚无同品种产品上市的体外诊断试剂,医疗机构可以自行研制并在本机构使用。今年2月9日,最新版《医疗器械监督管理条例》发布,其中53条规定“对国内尚无同品种产品上市的体外诊断试剂,符合条件的医疗机构根据本单位的临床需要,可以自行研制在执业医师指导下在本单位内使用。自此,LDT检测身份正式明确合法化。以T790M血液检测为例,尚无获批试剂盒的NGS、ddPCR血液高敏检测,以LDT方式在医疗机构开展,可为临床提供更加精准的个体化诊疗方案。

综上所述,NSCLC发病率逐年升高,其中MET基因异常虽然在NSCLC中相对少见,但基于我国庞大的NSCLC患者基数,以及近年来MET相关的临床及实验室研究,证实MET基因异常在NSCLC患者中同样具有重要意义,且往往与EGFR等靶向药物耐药相关,临床研究证实晚期MET阳性NSCLC患者可从MET靶向药物治疗中显著获益。因此,MET 通路变异在NSCLC的发生发展、耐药及预后方面都有着重要的作用。然而目前基于多种原因,MET突变阳性患者的识别与靶向治疗均存在问题,当前常用的分子病理检测方法在MET基因异常诊断中也都待进一步优化,如缺乏可靠且统一的阈值以及根据临床指标相关性建立的低中高分层标准等。因此,明确MET基因检测在NSCLC中的作用,确保检测结果准确,对患者的筛选和疗效评估具有重要临床意义。

 

参考文献

1. 非小细胞肺癌分子病理检测临床实践指南(2021版)。中华病理学杂志,2021, 50(4):323-332.

2. Matikas A, et al. Current and Future Approaches in the Management of Non-Small-Cell Lung Cancer Patients With Resistance to EGFR TKIs. Clin Lung Cancer. 2015;16(4):252-61..

3. Drilon A, et al. Targeting MET in Lung Cancer: Will Expectations Finally Be MET?. J Thorac Oncol. 2017;12(1):15-26.

4.Hartmaier RJ, et al. 2019 AACR Abstract 4897.

5. Ryan Hartmaier presented in 2021 AACR, CT127

6.《实验室自建分子诊断项目基本要求专家共识》

 

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本文的采访/撰稿/发布由阿斯利康提供支持。

 

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